ITmediaの記事によると、S006のケータイアップデートでは、

音声通話やデータ通信を行っていない状態（待受け中やデータフォルダ内のデータの再生など）で電波環境が不安定な状況になった場合、リセットすることがある。

＜2011年02月24日 22時22分 更新　au「CA006」「S004」「S005」「S006」「T004」「X-RAY」に不具合　より＞

という不具合が改善されるようです。

試しにアップデートを行ってみましたが、2?3分くらいで終わりました。

何かのタイミングでリセットしてるんだろうなっていう気はしていましたが、

これで改善されるでしょう。